Reemplaza el espacio en el campo donde quieres buscar por nada(''), de esta forma se buscará sin espacios.
Algo así:
SELECT *
FROM miTabla
where REPLACE(miCampo,' ',' ') = '123456'
Aqui tienes el enlace a la documentación de la función:
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/tsqlref/ts_ra-rz_76lh.asp
Debes tener cuidado en tablas grandes, ya que al usar esto SQL Server deja de utilizar los indices que pudieran existir en el campo, con lo que se hace un full scan de la tabla.
Otra opción, si conoces el formato en el que se han guardado los datos, sería formatear tu expresion (123456) al formato 123 456 en el programa antes de realizar la consulta.
Saludos,
Devjoker